ส่วนทรัพยากรน้ำ มีภารกิจ ดังนี้
- การอนุญาต ควบคุม กำกับดูแลการประกอบกิจการน้ำบาดาลตามกฎหมายว่าด้วยน้ำบาดาล
- การตรวจสอบการประกอบกิจการน้ำบาดาล เปรียบเทียบคดีความผิดตามกฎหมายว่าด้วยน้ำบาดาล และกฎหมายอื่นที่เกี่ยวข้อง
- รับคำขอสัมปทาน ต่ออายุ โอน ขยายเขตประปาสัมปทาน รวมทั้งคำขอปรับอัตราค่าน้ำหรือคำรับรองมาตรวัดน้ำ
- ประสานการสำรวจการใช้ประโยชน์ทรรัพยากรธรณีในระดับจังหวัด
- ประสานและดำเนินการแก้ไขปัญหาอุทกภัย และภัยแล้ง
- ดำเนินเรื่องร้องเรียนด้านทรัพยากรน้ำ ดำเนินการตามกฎหมายว่าด้วยการอำนวยความสะดวก และกฎหมายอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้อง
- ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย